SUZUNEたんフォローありがとう。
というわけで早速お試し。
めんどくさがりの私は直リンで（レイアウト再設計が面倒で元の本から継承したらウェブ公開には狭苦しかったから、なんて行き当たりばったりの理由では決して）。
まずはFlashPaperのツールバーで倍率表示の隣にあるボタン（上下左右に矢印ついてる奴）で「ページ全体を表示」させてから閲覧しておくんなまし。このへんパラメータで何とかならんのかしら。
そして色々挙動が明らかに。
EMBEDで埋め込まないと、倍率をウィンドウにフィットさせた時のPageUp PageDownによるスクロールで微妙にズレが出てきますな。
あとツールバーフル表示より画面が狭くなったとき、ページ送りが最初に隠れてしまうのがちょっと悲しいとか。
ホイールスクロール効くとか効かないとかはPaperのバージョンが微妙に違うのかしらん。